De plan trapézoïdal, la crypte est couverte de voûtes d’arêtes supportées par deux files de colonnes qui déterminent trois vaisseaux de sept travées. Une première partie, romane, à l’Occident, est communément attribuée à la campagne d’Artaud. Elle compte trois travées délimitées par six colonnes. Une seconde partie fut réalisée durant l’abbatiat de Gautier à une époque contemporaine de l’érection du transept actuel, entre 1207 et 1216, et s’étend dans le prolongement de la première, à l’orient. Elle mesure 19 mètres de long sur 9 mètres 20 de large.
Elle est couverte de voûtes d'arêtes qui retombent sur douze colonnes de grosseur inégale.
Un récit nous raconte que lorsque l'abbé Geoffroy entreprit de démolir la crypte pour l'agrandir, la sainte fit disparaître l'église dans l'obscurité la plus totale et terrifiante, décourageant toute nouvelle tentative de construction22.