Ses natures mortes, fleurs ou fruits, ont souvent trouvé acquéreur ; ses scènes d'intérieur sont réalisées dans une gamme quasi monochrome de gris et de brun. C'est son ami Whistler qui a attiré en Angleterre l'attention sur Fantin, à une époque où la peinture impressionniste française était peu appréciée dans ce pays. Il l'a ainsi mis en relation avec son beau-frère Francis Seymour Haden et avec le graveur Edwin Edwards. Passionné de musique, notamment de Berlioz, Schumann et Wagner, Fantin cherche à la transcrire par des peintures fluides exécutées en longues touches (Trois filles du Rhin, 1876), et lui consacre la plupart de ses lithographies. Ses portraits de sa femme Victoria Dubourg, ou de ses amis, Manet, Verlaine, ont un réalisme harmonieux et incisif.