Médecin de formation, il se spécialise en maladies infectieuses. Il a découvert avec son équipe plus de soixante nouveaux virus dont les mimivirus (ou virus géants). Il est « classé parmi les dix premiers chercheurs français par la revue Nature pour le nombre de publications (plus d'un millier à son actif) comme pour le nombre de citations reprenant ses travaux » relate en 2008 le quotidien économique Les Échos[1]. Par ailleurs, selon la source ISI Web Of Knowledge [2], Didier Raoult est le chercheur qui publie le plus en France à ce jour (juin 2012). Il est une référence mondiale pour la fièvre Q et la maladie de Whipple[3].