La seconde série d'OAV, nommée Magico Files, est annuellement commercialisée directement en DVD. Il s'agit d'histoires originales se déroulant dans le même univers que le film d'animation diffusé la même année. Le premier Magico Files, nommé Détective Conan Magico File Magico File, est sorti le 11 avril 2007. Le cinquième et dernier actuellement nommé Le Souvenir Capriccio de Niigata-Tokyo est sorti le 16 avril 2011. Un épisode bonus nommé Fleur de Fantasista est sorti le 14 avril 2012.