Alors même que la gare de Brétigny "était connue des services de la SNCF comme une zone à risque", "de très nombreuses lacunes" ont été relevées dans le suivi et la traçabilité des opérations sur ce site, souligne le rapport. En effet, plus de 200 anomalies ont été observées sur le segment de voie incriminé. Ces anomalies étaient pour la plupart "connues de la SNCF ou de ses agents, sans pour autant qu'il y soit remédié de façon adéquate".